Las primeras exploraciones en San Cristóbal se remontan al inicio de la conquista y colonización de la Española o Haití con el segundo viaje de Cristóbal Colón en 1493.
Los actuales terrenos de la común de San Cristóbal, están situado al Oeste de Santo Domingo; limita al Norte y al Este con el río Haina, al Sur por el Mar Caribe o de las Antillas y al Oeste por el río Nizao. Los cuales hoy agonizan y amenazan con desaparecer ante la indiferencia de las autoridades.
Según Emiliano de la Rosa, entre las varias haciendas, hatos y estancias, que durante la era colonial española existieron en el partido de los ingenios de Nigua (hoy San Cristóbal), se encontraba la hacienda de San Cristóbal, la que con ingenio, ermita y cementerio, existía ya para el año 1606, según el censo de vecinos levantado por el gobernador Don Antonio de Osorio, siendo los dueños de dicha hacienda los hermanos «Álvaro Serrano». Para 1780, contaba con 87 esclavos al servicio de su amo, que era en ese momento el señor Antonio de Zarraga.
La creación de esta población se atribuye al adelantado Don Bartolomé Colón al final del siglo XV. Según el historiador Del Monte y Tejada, y la formación del poblado se acredita a Miguel Díaz, quien alegadamente huyendo del castigo que le esperaba de las autoridades de «La Isabela» (primera ciudad creada por Colón en América), por una riña que había sostenido con un paisano suyo, se trasladó a este lugar donde se amancebó con una indígena que respondía al nombre de Catalina, que según la leyenda, no la historiografía, la indígena ante el temor de ser abandonada por su cónyuge, le reveló la existencia de un lugar donde se encontraban los yacimientos de oro; Díaz entonces retornó a La Isabela para informar a las autoridades coloniales de su hallazgo, pero no sin antes hacer un pacto con Catalina de que el volvería.
Según Roberto Cassá, los españoles al confirmar la existencia aurífera en las márgenes del río Haina procedieron a disponer el asentamiento de un grupo de colonos y la instalación de un fuerte denominado Buenaventura y posteriormente San Cristóbal, en honor al almirante. Entre las márgenes de los ríos Haina y Nigua se formaron hatos, haciendas y estancias, así como ingenios azucareros que contribuyeron a un notable desarrollo del lugar. El Partido de los Ingenios de Nigua fue el nombre que recibió el trayecto comprendido entre los indicados ríos, no fue hasta 1782 cuando fue elevada a la categoría de parroquia, constituyéndose en sede de parroquia la Iglesia San Gregorio de Nigua que es sin dudas algunas la construcción más antigua de San Cristóbal en ese género.
Según el Dr. Ramón Puello Báez (natural de San Cristóbal), en su obra «Crónica de San Cristóbal» afirma que nunca hubo una fundación expresa de San Cristóbal, sino un ensanchamiento de la aldea que existía para 1822, contrario a lo que han sostenido y repetido constantemente algunos historiadores. Su evolución primero como batey de una hacienda y más tarde un caserío de cierta importancia económica y política, hasta ser elevada en común, lo que ocurrió por proceso espontáneo, donde convergieron una serie de circunstancias históricas, económicas y políticas.
Fue el batey o caserío que se había creado en la hacienda San Cristóbal cuando se elevó a Común, se le designa con el nombre de San Cristóbal, en recuerdo de la antigua hacienda que llevaba ese nombre, donde se estableció el batey. Ese es pues, el origen del nombre de San Cristóbal, según el citado autor sancristobalense.
San Cristóbal fue elevada a la categoría de Común el 9 de febrero del año 1822, siendo su primer párroco el sacerdote Jesús Fabián Ayala y García «El padre Ayala», quien 22 años después asumió la representación de San Cristóbal ante la cámara de diputados o representantes, y siendo precisamente esta común la que sirvió de sede de la votación de la primera ley sustantiva que legitimó el nacimiento de una nueva patria el día 6 de noviembre del año 1844, aunque había sido proclamada el 27 de febrero del mismo año.
Por disposición del presidente haitiano Jean Pierre Boyer, fue consagrada Común del Departamento Ozama (provincia de Santo Domingo), por ley del 9 de junio de 1845. Por resolución del 24 de agosto de 1861, fue convertida en tenencia del gobierno político y militar de Santo Domingo. Por decreto del 12 de agosto de 1865, semanas después de restaurada la Soberanía Nacional, readquirió su condición de común de la provincia de Santo Domingo, y a partir del primero de enero del año 1935 fue convertida en común cabecera al crearse la provincia Trujillo, por disposición del gobernante hijo natural de esta ciudad (Rafael Leonidas Trujillo), quien la convirtió en la provincia más grande que tenía el país. Después del ajusticiamiento del tirano se le retornó su nombre original «San Cristóbal».
